どうぞコピー&ペーストして使って下さい。YYYY/MM/DD HH:MM:SS +ミリセカンドで出力されます。もちろん1桁の場合は 0 埋めされます。
var date = new Date();
console.log(date.getFullYear() + '/' + ('0' + (date.getMonth() + 1)).slice(-2) + '/' +('0' + date.getDate()).slice(-2) + ' ' + ('0' + date.getHours()).slice(-2) + ':' + ('0' + date.getMinutes()).slice(-2) + ':' + ('0' + date.getSeconds()).slice(-2) + '.' + date.getMilliseconds());