ファイルマネージャよりファイルを削除、上書きする時に確認ダイアログが表示されますが、コンソールよりファイルを削除する時は有無を言わさず削除されてしまいます。しかし -i オプションを使えば確認メッセージが表示されるようになります。毎回 -i オプションをつけるのは面倒なので、~/.bashrc に以下ように記述をしておけば再ログイン後、rm, cp, mv コマンドで削除、上書きの確認メッセージが表示されるようになります。
$ rm -i sample.txt
rm: 通常ファイル 'sample.txt' を削除しますか?
~/.bashrc
alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
更に不安な人へは、trash コマンドがお勧めです。trash-put で指定したファイルは全てゴミ箱へ移動されるので、rm コマンドを trash-put へ置き換えておけば rm で削除したファイルはゴミ箱に移動されて、ゴミ箱を空にしない限りファイルは残ります。
$ sudo apt -y install trash-cli <- trash コマンドのインストール
$ trash-put [ファイル、ディレクトリ名] <- ファイル、ディレクトリをゴミ箱へ
$ trash-empty <- ゴミ箱を空
~/.bashrc
alias rm='trash-put'